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Gestion sociale et paie

Gérer les arrêts de travail des salariés

Date de publication : 30/03/2026

#Article

Les arrêts de travail des salariés sont monnaie courante pour les employeurs et il est important d’en connaître les règles. Quelles sont les obligations en termes de formalités et de rémunération ? Peut-on rompre le contrat de travail d’un salarié en arrêt de travail ? Que se passe t’il lors de son retour ? Voici un tour d’horizon des dispositions applicables.

Des formalités pour le salarié et l’employeur

Le salarié qui se voit prescrire un arrêt de travail doit vous prévenir le plus tôt possible (appel téléphonique, mail, SMS…) pour vous permettre de vous organiser, puis justifier son absence en vous transmettant, en principe, dans les 48 heures qui suivent le début de l’arrêt, le volet 3 de l’avis d’arrêt de travail qui lui a été délivré par son médecin.

De votre côté, vous devez via la déclaration sociale nominative (DSN) :

• effectuer un signalement d’arrêt de travail dans les 5 jours ouvrés qui suivent la connaissance de l’arrêt ;
• ou, si votre association perçoit directement les indemnités journalières dues au salarié (dispositif de subrogation), déclarer l’arrêt de travail soit dès qu’il survient, soit dans la DSN mensuelle du mois de sa survenance.

Des indemnités journalières pour votre salarié

Le salarié en arrêt de travail reçoit des indemnités journalières de la Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) ou, si votre association a une activité agricole, de la Mutualité sociale agricole (MSA) :

• dès le premier jour d’arrêt de travail en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle ;
• ou à compter du 4^e jour, en principe, en cas d’accident ou de maladie d’origine personnelle.

Si votre salarié a au moins un an d’ancienneté dans votre association, vous devez, selon le Code du travail, maintenir partiellement sa rémunération :

• dès le premier jour d’arrêt de travail en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle
• à compter du 8^e jour en cas d’accident ou de maladie d’origine personnelle.

Le montant et la durée de ce maintien légal de salaire varient en fonction de l’ancienneté de votre salarié. Par exemple, pour un salarié qui cumule 8 ans d’ancienneté dans votre association, vous devez maintenir (en tenant compte des indemnités journalières payées par la CPAM ou la MSA) :

• 90 % de sa rémunération brute pendant les 40 premiers jours d’arrêt de travail ;
• 66,66 % pendant les 40 jours suivants.

Votre convention collective peut prévoir des dispositions plus favorables que celles du Code du travail. Ainsi en est-il, par exemple, de la convention collective de la branche de l’aide, de l’accompagnement, des soins et des services à domicile qui prévoit un maintien de salaire par l’employeur après un délai de carence de seulement 3 jours en cas d’accident ou de maladie d’origine personnelle. Dans le détail, pour les salariés ayant au moins 6 mois d’ancienneté, l’employeur doit maintenir, en tenant compte des indemnités journalières payées par la CPAM :

• 90 % du salaire brut pendant 60 jours pour les salariés ayant moins de 20 ans d’ancienneté ou pendant 90 jours pour ceux ayant au moins 20 ans d’ancienneté ;
• puis 70 % du salaire brut jusqu’au 1 095^e jour d’arrêt de travail (3 ans).

À savoir : lorsque vous maintenez la rémunération de votre salarié, vous pouvez, en cas de doute sur le bien-fondé de son arrêt de travail, mandater un médecin afin qu’il réalise une contre-visite médicale. Si votre salarié refuse de se soumettre à la contre-visite ou de reprendre le travail alors que le médecin a estimé que son arrêt n’est pas justifié, vous pouvez mettre fin au maintien de salaire. Mais vous n’êtes pas autorisé à prononcer une sanction disciplinaire (comme un licenciement).

Une suspension du contrat de travail du salarié

Le contrat de travail du salarié est suspendu lors d’un arrêt de travail. En conséquence, ce dernier ne doit ni travailler en présentiel ni télétravailler, y compris pour une tâche ponctuelle sur une durée limitée. Et attention car, selon les tribunaux, le salarié qui travaille pendant un arrêt de travail peut obtenir de son employeur des dommages-intérêts en justice même si cette situation ne lui a causé aucun préjudice.

Illustration : la Cour de cassation a condamné un employeur à verser des dommages intérêts à un salarié qui, sans avoir été sollicité par son employeur, avait travaillé pendant son arrêt de travail. Pour les juges, l’employeur n’aurait pas dû tolérer cette situation.

Cependant, vous pouvez demander à un salarié en arrêt de travail de restituer les éléments matériels ou les informations en sa possession et nécessaires à l’activité de votre association, à condition que ceci n’implique pas l’accomplissement d’une prestation de travail. Ainsi, en est-il pour les juges, d’un mot de passe informatique, de fichiers clients…

Pour assurer le bon fonctionnement de votre association, vous pouvez remplacer votre salarié absent par un salarié recruté en contrat à durée déterminée ou en intérim. Ce contrat doit préciser notamment :

• le motif pour lequel il est conclu (remplacement d’un salarié absent) ;
• le nom et la qualification professionnelle du salarié remplacé ;
• la désignation du poste de travail ;
• sa durée minimale (le contrat prenant alors fin au retour du salarié absent).

Précision : la reprise anticipée du travail de votre salarié doit être autorisée par son médecin et signalée à la CPAM ou la MSA.

La rupture du contrat de travail d’un salarié en arrêt de travail

Tout d’abord, sachez qu’il est interdit de licencier un salarié en arrêt de travail pour accident du travail ou maladie professionnelle, sauf faute grave du salarié ou impossibilité de maintenir son contrat de travail pour un motif étranger à l’accident ou à la maladie (dissolution de l’association, par exemple).

Si votre salarié est en arrêt de travail pour maladie ou accident d’origine personnelle, vous pouvez, sauf garantie d’emploi prévue par votre convention collective ou par un accord conclu au sein de votre association, le licencier mais seulement si son absence prolongée ou ses absences répétées :

• entraînent des perturbations dans le fonctionnement de votre association ou d’un service essentiel à son fonctionnement ;
• et vous obligent à le remplacer définitivement par un salarié recruté en contrat à durée indéterminée.

Illustration : les tribunaux ont validé le licenciement d’un chef de cuisine absent depuis plus d’un an et chargé d’un service assurant 2 000 repas par mois dans une résidence seniors. Ils ont constaté d’une part, que cette absence avait engendré des perturbations sérieuses dans l’organisation du service soutenues par des plaintes des résidents et d’autre part, que les mutations internes mises en place par l’employeur n’avaient pas permis d’éviter la dégradation de son fonctionnement. La situation, que les résidents avaient ressenti comme une restriction aux prestations contractuelles, ayant abouti à un état d’incertitude parmi le personnel confronté à une surcharge de travail.

Enfin, si votre salarié est reconnu inapte à occuper son poste par le médecin du travail, vous pouvez le licencier pour inaptitude mais seulement, en principe, après avoir tenté de le reclasser dans un emploi correspondant à ses capacités.

À savoir : il est possible de rompre le contrat à durée indéterminée d’un salarié en arrêt de travail via une rupture conventionnelle homologuée, que son accident ou sa maladie soit d’origine professionnelle ou personnelle.

Le retour du salarié dans l’association

Le salarié de retour dans votre association après un arrêt de travail doit retrouver son emploi précédent ou, s’il n’est plus disponible ou n’existe plus, un emploi similaire avec une rémunération au moins équivalente et la même qualification.

Sachez, par ailleurs, que dans certains cas, vous devez organiser un examen médical de reprise avec le médecin du travail. Cet examen, qui doit se tenir dans les 8 jours qui suivent la reprise effective de travail de votre salarié, s’impose pour les arrêts de travail :

• consécutifs à une maladie professionnelle, quelle qu’en soit la durée ;
• d’au moins 30 jours consécutifs à un accident du travail ;
• d’au moins 60 jours consécutifs à un accident ou une maladie d’origine personnelle.

Vous l’aurez compris, votre association peut être désorganisée par les arrêts de travail des salariés, d’autant plus s’ils sont nombreux et récurrents. Afin de « limiter la casse », il peut être opportun non seulement de mettre en place des procédures adéquates de gestion des arrêts de travail mais aussi notamment de prévenir les risques professionnels dans votre structure.

Au niveau financier, le principe demeure de bien déclarer les arrêts de travail afin que vous puissiez bien recevoir, dans les cas de la subrogation, les indemnités journalières de la CPAM ou de votre prévoyance relatives à ces arrêts.